由于水性肥和水肥一體化技術在國內還處于推廣階段，水溶肥的生產和市場還存在很多問題：

1、配方濃度的盲目性:國內很多廠家在確定產品配方濃度時，沒有根據不同作物和作物生長的不同時期對營養的需求來配置配方濃度，導致產品使用不能達到預期效果。盲目生產高養分含量的水溶性肥料，不利于中、低養分含量的水溶性肥料的發展。

2、價格居高不下:水溶性肥料價格遠高于普通復合肥。一方面是因為原材料價格比較貴，另一方面是水溶性肥料銷量小，還處于推廣階段。渠道銷售需要大量的推廣服務支持，推廣服務成本高，所以價格一直居高不下，難以下降。

3、假冒偽劣產品較多:相對于普通復合肥，水溶肥的利潤空間更大，這就吸引了很多不法廠商生產水溶肥。水溶肥由于生產工藝簡單，染色后的原料很難鑒別。因此，很多生產廠家使用硫酸鎂、硫酸鋅等低價肥料，添加激素，冒充水溶性肥料，或者用硫酸鎂、硫酸鋅等低價肥料替代部分。生產原材料以獲取高額利潤。

4、生產技術落后:與國際水溶肥公司相比，目前國內水溶性肥料生產技術相對落后，研發資金和技術人員投入嚴重不足，生產設備極其簡單。許多企業將尿素、硝酸鉀、硫酸鉀、水溶性磷酸一銨等原料簡單混合。生產車間無吸濕設備，染色、防結塊工藝不達標。生產出來的肥料經常出現潮解、硬化、染色不均、雜質過多、水溶性差等現象，嚴重影響水溶性肥料的銷售。